Dawna prochownia na przeł. XVIII i XIX w. uległa zniszczeniu na skutek wybuchu. W latach 1815-1846 wieś położona była na terenie Wolnego Miasta Krakowa, potem w zaborze austriackim. W czasie II Rzeczypospolitej wieś należała do powiatu chrzanowskiego w województwie krakowskim. W 1911 wybudowano szkołę. 6 sierpnia 1914 z Nawojowej Góry wyruszyła I Brygada Legionów Polskich. Miejscowy dwór został odbudowany. W 1916 dwór zakupił Napoleon Nikodem Cybulski, który po trzech latach zmarł. W 1924 parterowy dwór strawił pożar. Obecny wygląd zawdzięcza przebudowie w 1925, którego dokonał ówczesny właściciel Karol Gustaw Domański, inżynier górnik pracujący przy budowie fabryki gazów technicznych w Trzebini. Na jego zlecenie architekt Leon Wilmann zaprojektował gruntowną przebudowę dworu. 11 listopada 1934 odsłonięto Pomnik Niepodległości Polski.

Od 26 października 1939 do 18 stycznia 1945 wieś należała do gminy Kressendorf w Landkreis Krakau, dystryktu krakowskiego w Generalnym Gubernatorstwie. W 1942, w czasie II. wojny światowej okupanci niemieccy zburzyli tutejszy pomnik. W 1952 założono klub piłkarski Górzanka. Do roku 1954 wieś należała do ówczesnej gminy Krzeszowice. Jesienią 1954 wieś została siedzibą gromady Nawojowa Góra w ówczesnym powiecie chrzanowskim w woj. krakowskim. Od lipca 1960 gromadę Nawojowa Góra 'zniesiono włączając jej (pozostały) obszar do nowo utworzonej gromady Krzeszowice. Od 1 stycznia 1973 znajduje się reaktywowanej gminie Krzeszowice. W latach 1975-1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krakowskiego. Krajobraz został zniszczony przez zaniechane w latach 90. XX w. wydobycie wapienia górnojurajskiego. Na terenie wsi piętrzą się ogromne hałdy i nieczynne wyrobiska kamieniołomów. 11 listopada 1989 odsłonięto pamiątkowy głaz z inskrypcją. Zaprojektował go Marian Konarski. Stał on na wapiennej górce przy drodze krajowej nr 79, nieopodal miejsca, gdzie stał pierwotny Pomnik Niepodległości. Obecnie miejsce to zostało zniwelowane, a głaz został usunięty. 3 maja 1991, dzięki fundacji okolicznych zakładów pracy oraz ofiar ludności, została odsłonięta replika pierwszego pomnika. Od 1997 miejscowość została pozbawiona części przysiółka: Gwoździec i Zimnej Wody które przyłączono do miasta Krzeszowice (237 budynków mieszkalnych.


Dziedzictwo kulturowe

Do ewidencji zabytków architektury i budownictwa są wpisane takie obiekty jak:

  • szkoła murowana z 1911,
  • zespół dworski Prochownia – dwór murowany z XVIII w. (tzw. Willa Domańskich), przebudowany w 1925, domek ogrodnika oraz stajnia z wozownią – murowane w 1925, park krajobrazowy z XIX/XX w.,
  • 4 kapliczki murowane z XIX i XX w.,
  • 4 domy drewniane z XIX i XX w. oraz stodoła drewniana z XIX w.